Die wohl coolsten Geheimagenten des Universums sind zurück: K und J, die zwar schon seit 15 Jahren bei den Men in Black arbeiten, aber immer noch für Überraschungen gut sind. Als K nach einem Zwischenfall wie vom Erdboden verschluckt ist, erfährt J von seiner Kollegin, dass K bereits seit 40 Jahren tot sei. Für J steht sofort fest, dass hier etwas nicht mit rechten Dingen zugeht. Er reist umgehend in die Vergangenheit, um das Übel bei der Wurzel zu packen. Dabei muss er herausfinden, dass sein Partner einige gut gehütete Geheimnisse hatte, deren Ausmass J erst durch das Zusammentreffen mit dem jungen K verstehen kann.